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完整性：核酸样品若存在降解，会导致电泳条带呈现弥散状或出现多条不清晰的条带，影响对核酸分子量大小和浓度的准确判断。

纯度：样品中若含有蛋白质、多糖、酚类等杂质，可能会与核酸结合，影响核酸在凝胶中的迁移率，导致条带变形、拖尾或迁移速度异常。

种类：不同的缓冲液具有不同的 pH 值和离子强度，会影响核酸的带电性质和迁移速度。例如，常用的 TAE 缓冲液（Tris - 乙酸 - EDTA）和 TBE 缓冲液（Tris - 硼酸 - EDTA），TBE 的缓冲能力较强，适合长时间电泳，但高浓度的 TBE 会影响 DNA 的迁移率，而 TAE 则更适合用于大片段 DNA 的电泳。

浓度：缓冲液浓度过高，会使凝胶的电阻增大，产热增加，导致核酸分子的迁移速度减慢，甚至可能使 DNA 条带扭曲变形；浓度过低，缓冲能力不足，会使电泳过程中 pH 值发生变化，影响核酸的迁移。

使用次数：多次使用的缓冲液中离子浓度会发生变化，且可能积累了电泳过程中产生的杂质，如核酸降解产物等，从而影响电泳效果，一般建议及时更换缓冲液。

电场强度过大，会使核酸分子迁移速度过快，导致分辨率降低，尤其对于较大分子量的核酸，可能会使其在凝胶中的迁移行为异常，无法准确分离；电场强度过小，电泳时间会延长，核酸分子可能会发生扩散，同样影响分辨率。一般来说，在进行常规琼脂糖凝胶电泳时，电场强度通常控制在 5 - 10 V/cm。

制备过程：凝胶制备过程中若搅拌不均匀、加热不充分或冷却速度过快等，都可能导致凝胶的孔径大小不均匀，影响核酸分子的迁移路径，使条带不整齐或出现扭曲现象。

保存条件：制备好的凝胶若保存不当，如在干燥环境中放置时间过长，会导致凝胶失水干裂；若保存温度过低或过高，也会影响凝胶的性能，一般建议将凝胶保存在 4℃左右的湿润环境中，并尽快使用。

染色剂：选择合适的染色剂对于清晰观察核酸条带至关重要。常用的染色剂如溴化乙锭（EB），其与核酸结合的量会影响条带的荧光强度，如果染色时间过长或染色剂浓度过高，可能会导致背景荧光增强，影响条带的清晰度；而染色时间过短或浓度过低，则条带荧光较弱，不易观察。此外，不同染色剂对不同类型核酸的亲和力也有所差异，例如 SYBR Green 对双链 DNA 和 RNA 都有较好的染色效果，而对单链 DNA 的染色效果相对较弱。

成像设备：成像设备的灵敏度、分辨率以及曝光时间等参数设置也会影响核酸电泳结果的呈现。如果曝光时间过长，条带会过亮且可能出现拖尾现象；曝光时间过短，条带则可能显示不出来。